学院围绕国家重大战略需求以及解决经济社会和行业领域的实际问题，紧密结合农业水利工程领域的工程实际，按照“入主流、有特色”的发展思路，开展了前沿科学问题和重大工程问题的深入研究，承担了一系列国家级和省部级科研项目。近五年，新增合同经费2.97亿元，新增国家重点研发计划项目1项、国家农业科技重大项目2项、国家重点研发计划课题6项、国家自然科学基金39项、国家社科基金1项，江苏省自然科学基金11项、江苏省科技支撑计划项目5项、江苏省水利科技项目25项等。发表高质量论文493篇，国家发明专利获授权249件。水土资源可持续利用、水稻节水灌溉、健康河湖、生态灌区、大型泵站水力优化等系列成果得到了大面积应用，在解决水资源短缺、改善河湖水环境、支撑生态灌区建设、保障大型调水工程安全高效运行等方面发挥了重要作用。获得包括国家科技进步奖二等奖、北京市科学技术奖一等奖、大禹水利科学技术奖一等奖、水力发电科学技术奖一等奖在内的省部级及以上奖励近40项。