农业科学与工程学院前身为1952年建立的水利土壤改良系，1958年更名为农田水利系，1965年更名为农田水利工程系，1995年与水力发电工程系、水利科学研究所共同组建水利水电工程学院，1997年改名为农业水利工程系（隶属水利水电工程学院），2003年农业水利工程系从水利水电工程学院分离，成立校直属现代农业工程系，2007年撤系建院成立农业工程学院，2009年与水利水电工程学院共同组建水利水电学院，2018年2月根据国家需求和学科特色，以农业水利工程系为主体重新组建农业工程学院。2019年12月底更名为农业科学与工程学院。

学院现有教职工91人，其中正高20人，副高37人；博士生导师18人，硕士生导师48人。专任教师70人，其中教授20人，副教授35人，高级专业技术职务比例占79%。专任教师中具有博士学位比例达96%。学院2024年新增国家级人才1人、科技部海外杰青1人、江苏省特聘教授1人、江苏省333工程5人、江苏省高校“青蓝工程”中青年学术带头人1人。设有农业水利工程系、土地整治工程系与水土保持工程系等3个教学机构和水土资源研究所、农业节水研究所、灌排工程研究所、农业环境研究所等4个研究类基层组织，以及实验中心和科研平台中心等2个平台类基层组织。

学院现有农业工程、农业资源与环境两个一级学科。农业工程为一级学科博士授予权，设有农业水土工程、农业生物环境与能源工程、农业水土资源保护3个二级学科方向；农业资源与环境为一级硕士学科授权点，是目前我校设置的唯一农学门类学科。另有土木水利（农田水土工程）专业博士、硕士学位授予权、资源与环境专业博士学位授予权和2个学士学位授予权（农业水利工程、土地整治工程）。农业工程学科2016年入选江苏省重点学科，“十三五”江苏省重点学科评估结果为优秀，2022年入选江苏省优势学科。设有农业工程博士后流动站。

学院拥有水利部投资兴建的江宁节水园省部级科研基地，与江苏省水利厅共建省灌溉试验中心站野外基地，以及水文水资源与水利工程科学国家重点实验室、水资源高效利用与工程安全国家工程研究中心、水安全与水科学协同创新中心、沿海开发与保护协同创新中心4个国家和省部级依托平台。此外，在江苏、浙江、安徽、江西等省份建有8个合作的野外试验研究基地。

近5年来，本学科围绕国家重大战略需求以及解决经济社会和行业领域的实际问题，紧密结合农业水利工程领域的工程实际，按照“入主流、有特色”的发展思路，开展了前沿科学问题和重大工程问题的深入研究，承担了一系列国家级和省部级科研项目，新增合同经费8842万元，获国家重点研发计划课题项目2项，国家自然科学项目32项，江苏省省科技支撑计划项目3项，江苏省水利科技项目21项。发表国内外高水平学术期刊论文340篇，其中SCI检索论文220篇，出版专著3部，授权发明专利90项。获得包括国家科技奖进步奖一等奖、江苏省科技进步奖一等奖、大禹水利科学技术奖一等奖在内的省部级及以上奖励17项。

学院现有农业水利工程专业和土地整治工程专业2个本科专业。农业水利工程专业有70多年办学历史，是江苏省重点专业、特色专业，2019年入选了首批国家一流本科专业,通过了国际工程教育专业认证。土地整治工程专业为2020年经教育部批准设立的新专业。学院人才培养质量高，毕业生深受用人单位的好评。自开办以来，先后为国家培养了5000多名毕业生。他们中间涌现出一大批成就卓越的治国栋梁、学术大师、行业精英，其中包括中国工程院院士3名、国家级设计大师2名、国家杰出青年基金获得者2名、厅局级以上领导百余名，以及一大批相关领域的部门领导和技术骨干。学院还为新疆、西藏等少数民族地区培养了专业骨干人才450余名；为亚洲、非洲、中美洲20等多个发展中国家培养了数百名博士、硕士研究生。近年来，本科生升学率保持在45%以上，本科与研究生就业率保持在95%以上。

学院现有博士生93人，学术型硕士生162人，全日制专业学位硕士生166人，非全日制专业学位硕士生31人，本科生585人，留学生30人。